Υπάρχουν αρκετές κρανιοπροσωπικές ανωμαλίες και πολλές εξ’ αυτών είναι μοναδικές και σπάνιες. Όμως, όλες τους έχουν συγκεκριμένα μορφολογικά χαρακτηριστικά, λειτουργικά προβλήματα και φυσικά την θεραπεία τους. Μερικές από αυτές τις κρανιοπροσωπικές ανωμαλίες, είναι: Η ημιπροσωπική μικροσωμία, η ακολουθία Pierre Robin, το σύνδρομο Muenke, το σύνδρομο Crouzon, το σύνδρομο Pfeiffer, οι δυσπλασίες της κρανιό-προσωπό-ρινικής περιοχής, το σύνδρομο Saethre Chotzen, το σύνδρομο Treacher Collins, το υπερωιο-καρδιο-προσωπικό σύνδρομο, το σύνδρομο Goldenhar και άλλα.